衣原体阳性通常需要使用抗生素治疗，常用的有阿奇霉素等。一般来说，规范用药后可有效清除衣原体。
常用治疗药物
大环内酯类抗生素： 阿奇霉素是常用的治疗衣原体阳性的药物之一，它通过抑制细菌蛋白质合成发挥作用。还有红霉素也可用于衣原体感染的治疗，但胃肠道反应相对可能更明显。四环素类抗生素： 多西环素属于四环素类，也能对衣原体起到抑制作用。不过8岁以下儿童通常不建议使用四环素类药物，因为可能会影响牙齿和骨骼发育。
治疗疗程及注意事项
疗程方面： 一般衣原体感染的治疗疗程通常需要7~10天左右，但具体要根据病情严重程度来定。比如单纯的衣原体尿道炎，可能疗程相对短些，而如果是合并有其他并发症的情况，疗程可能会延长。注意事项： 在治疗期间要避免性生活，防止交叉感染。同时，用药一定要遵医嘱，不能自行停药，否则容易导致衣原体耐药或者病情反复。另外，用药后要注意观察自身症状变化，如果用药后症状没有改善甚至加重，要及时复诊。
性伴侣的处理
同时检查治疗： 衣原体阳性患者的性伴侣也需要同时进行检查，如果性伴侣也感染了衣原体，要一起接受治疗，否则即使患者自身治愈了，性伴侣再次接触又会使患者重新感染。避免无保护性行为： 在治疗期间以及治愈前，性伴侣之间要避免无保护的性行为，使用安全套等防护措施也不能完全杜绝风险，最好是双方都治愈后再恢复正常的性生活。
特殊人群的治疗特点
孕妇患者： 孕妇感染衣原体需要特别谨慎用药，一般会选择相对安全的药物，如阿奇霉素，因为一些药物可能会对胎儿造成不良影响。医生会根据孕妇的具体情况权衡利弊来选择合适的治疗方案。儿童患者： 儿童衣原体感染相对少见，但如果发生，用药要更加谨慎。比如儿童使用阿奇霉素时，要严格按照儿童的体重等计算合适的剂量，不能随意用药，必须在医生的指导下进行治疗，并且要密切观察用药后的反应。