做胃镜一般来说风险较低，但也可能存在一些潜在危害。比如，少数人在做胃镜检查后可能会出现咽部不适，这种情况通常在1~2天内会自行缓解。
检查过程中的不适反应
咽部不适： 在做胃镜时，胃镜通过咽部可能会引起咽部的异物感、轻度疼痛等不适，不过这种不适大多比较轻微，检查结束后短时间内就能缓解。腹胀： 检查前喝的水或者检查过程中注入的空气可能会导致短暂的腹胀，一般检查结束后通过排气等方式可以逐渐缓解。
罕见的严重并发症
穿孔： 虽然发生概率极低，大约在万分之一左右，但如果患者本身有消化道溃疡、肿瘤等病变，在胃镜操作时就有可能导致消化道穿孔。一旦发生穿孔，患者会出现剧烈腹痛等症状，需要紧急手术治疗。出血： 极少数情况下，胃镜检查可能会导致消化道黏膜损伤出血，不过大部分是少量出血，通过药物等治疗可以止住，严重的大出血相对少见。
对特殊人群的影响
心脏病患者： 本身有心脏病的患者做胃镜可能会有一定风险。比如冠心病患者，在检查过程中因为紧张等因素可能会诱发心绞痛等，所以这类患者做胃镜前需要医生评估心脏情况，必要时采取相应的监护措施。高血压患者： 做胃镜时血压可能会波动，高血压患者如果血压控制不稳定，可能会在检查过程中出现血压大幅升高的情况，所以检查前要把血压控制在相对稳定的状态。