小肠疝气主要是腹壁存在薄弱环节，同时腹内压力增高导致腹腔内的脏器或组织通过薄弱点突出到体表形成的。比如，约有10% - 15%的婴儿会出现先天性的腹壁发育薄弱，在哭闹、咳嗽等导致腹压升高时，肠管等就可能从薄弱处突出形成小肠疝气。
先天因素导致
解剖结构薄弱： 胎儿在发育过程中，男性的睾丸会通过腹股沟管下降到阴囊，这就会形成一个潜在的通道。如果这个通道没有完全闭合，就为小肠疝气的形成留下了隐患。一般来说，早产儿发生这种先天腹壁薄弱从而引发小肠疝气的概率相对更高，因为早产儿的发育还不够完善，腹壁肌肉和筋膜的发育可能更不成熟。遗传因素影响： 有研究发现，如果家族中有小肠疝气的病史，那么后代发生小肠疝气的风险会比普通人群高一些。虽然具体的遗传机制还不是完全明确，但遗传易感性在小肠疝气的发生中起到了一定作用。
后天因素引发
慢性咳嗽： 长期患有慢性支气管炎、哮喘等疾病的人，会反复出现咳嗽症状。当咳嗽时，腹压会明显升高，不断冲击腹壁薄弱部位，久而久之就容易导致小肠疝气。比如，一位患有慢性支气管炎多年的患者，病程长达10年以上，长期的咳嗽就可能促使小肠疝气的形成。便秘： 经常便秘的人，在排便时需要用力屏气，这会使腹内压力大幅增加。长时间的腹压增高会对腹壁薄弱区域产生持续的冲击，增加了小肠疝气发生的可能性。据统计，有便秘问题的人群中，小肠疝气的发生率比没有便秘的人群要高出约2 - 3倍。重体力劳动： 从事重体力劳动的人，腹部肌肉经常需要承受较大的力量。长期的重体力劳动会使腹壁承受过多压力，对于本身存在腹壁薄弱情况的人来说，就更容易引发小肠疝气。例如，一些长期从事搬运工作的工人，由于频繁用力搬举重物，患小肠疝气的几率相对较高。