新生儿黄疸主要是由于新生儿体内胆红素代谢异常引起的，约60%足月儿和80%早产儿在出生后2-3天会出现黄疸。
胆红素生成过多
红细胞破坏多： 新生儿的红细胞寿命相对较短，大约70-90天，比成人短，所以红细胞破坏快，产生的胆红素就多。比如正常成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞寿命明显缩短。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶的含量比成人高，这种酶会促使血红素分解产生更多胆红素。
肝脏处理胆红素能力不足
肝细胞摄取胆红素能力弱： 出生后，新生儿肝脏内摄取胆红素的Y、Z蛋白含量较低，通常要到出生后5-10天才达到成人水平，所以摄取胆红素的能力较弱。肝细胞结合胆红素能力差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸基转移酶（UDPGT）的量及活性不足，活性要到生后1周左右才接近正常，这就导致肝细胞结合胆红素的能力较差，使得胆红素不能及时结合转化。
肠肝循环特点
肠道菌群未完全建立： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，导致肠道内的β-葡萄糖醛酸苷酶活性较高，这种酶会将结合胆红素水解成未结合胆红素，又重新被肠道吸收进入血液循环，形成肠肝循环，使得血中的胆红素增加，加重黄疸。胎便排出延迟： 如果新生儿胎便排出延迟，也会导致胆红素通过肠道排出减少，从而使胆红素经肠肝循环重吸收增加，加重黄疸情况。