涎腺囊肿主要治疗方法是手术切除，一般药物治疗效果有限。对于较小的黏液腺囊肿，可采用激光治疗等非手术方式，不过手术切除是较为彻底的治疗手段，通常手术时间较短，一般在局部麻醉下即可进行。
手术治疗方式
门诊小手术切除： 医生会在局部消毒后，用手术器械将囊肿完整切除。这种手术相对简单，术后恢复较快。一般来说，术后伤口会在1周左右逐渐愈合。全麻下手术： 如果是较大的涎腺囊肿或者儿童患者不配合局麻手术时，可能需要在全身麻醉下进行手术。但全身麻醉会有一定风险，不过现在技术比较成熟，风险相对可控。
非手术治疗情况
激光治疗： 利用激光的能量破坏囊肿组织。激光治疗的优势是创伤相对较小，术后恢复也比较快。不过激光治疗对于囊肿的大小有一定要求，一般适用于较小的黏液腺囊肿。冷冻治疗： 通过低温使囊肿组织坏死脱落。但冷冻治疗可能会导致局部组织肿胀等反应，而且治疗效果可能不如手术切除确切。
药物辅助情况
抗感染药物： 如果囊肿继发感染，出现红肿、疼痛等症状时，可能会使用抗感染药物。常用的有头孢类抗生素等，但这只是辅助控制感染，并不能从根本上治疗涎腺囊肿。一般在感染得到控制后，仍需要进一步的手术等治疗。止痛药物： 当患者囊肿部位疼痛明显时，可能会短期使用止痛药物，如布洛芬等，但这些药物只是缓解症状，不能解决囊肿本身的问题。涎腺囊肿患者在治疗后要注意保持口腔清洁，避免食用辛辣、刺激性食物，以免影响伤口愈合。同时要定期复查，观察伤口恢复情况以及是否有囊肿复发等情况。如果是儿童患者，家长要做好术后的护理工作，监督孩子保持良好的口腔卫生习惯。