功能性便秘和器质性便秘在多个方面存在区别，主要包括病因不同和治疗方法不同。具体如下：
一、病因不同
1.功能性便秘主要是由饮食习惯不佳、精神压力过大、生活不规律等导致胃肠道功能紊乱而引起。其是在排便过程中某一环节出现功能性异常从而引发的便秘。
2.器质性便秘则是由于身体器官出现器质性病变所继发的便秘，比如痔疮、肠套叠、直肠肿瘤等，这些病变会致使体内的毒素垃圾无法顺利排出体外。
二、治疗方法不同
1.功能性便秘一般可通过药物以及生活调理等方式进行治疗。比如可以遵医嘱使用健胃消食片、大山楂丸、多潘立酮片等药物来促进肠道蠕动。
2.器质性便秘通常使用药物治疗，部分疾病还需要借助手术的方法，如肠套叠可进行肠套叠复位术，直肠肿瘤则主要以手术切除为主。而对于因痔疮引发的器质性便秘，可外用熊胆痔疮膏、硝酸甘油软膏等药物。
总之，功能性便秘和器质性便秘在病因和治疗上存在明显差异，应根据具体情况进行准确诊断和针对性治疗。