结肠炎的治疗药物需根据类型选择，一般来说，炎症性肠病中的溃疡性结肠炎常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，约70%的轻中度患者使用后能在数周内见效。
氨基水杨酸制剂类药物
5-氨基水杨酸制剂： 这类药物能作用于肠道局部，抑制炎症反应。比如美沙拉嗪，可口服也可灌肠使用。口服的美沙拉嗪一般适用于轻中度结肠炎患者，而对于直肠炎患者，灌肠用的美沙拉嗪栓剂或溶液能直接作用于病变部位。
糖皮质激素
适用于中重度患者： 当氨基水杨酸制剂效果不佳时，会使用糖皮质激素，像泼尼松。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，比如骨质疏松、感染风险增加等，所以一般在病情得到控制后会逐渐减量。例如对于重度溃疡性结肠炎患者，初始可能会给予较大剂量的泼尼松来快速缓解症状。
免疫抑制剂
用于激素治疗无效等情况： 硫唑嘌呤属于免疫抑制剂，适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的患者。它需要较长时间发挥作用，一般在用药3 - 6个月后才会逐渐看到效果。不过使用这类药物时要注意监测血常规等指标，因为可能会引起白细胞减少等不良反应。
生物制剂
针对难治性患者： 比如英夫利西单抗，对于一些重度的、对传统治疗耐药的结肠炎患者有较好的疗效。但这类药物价格相对较高，而且使用过程中需要密切监测是否出现感染等并发症。不过它能精准地针对炎症通路发挥作用，为一些难治性结肠炎患者带来新的治疗希望。