治结肠炎的药物选择需根据病情而定，常用的有氨基水杨酸制剂等。一般来说，5-氨基水杨酸类药物是治疗轻中度结肠炎的常用药物，如美沙拉嗪。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻中度的结肠炎。它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸能抑制肠道炎症。不过，部分人服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道反应。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂的一种，药效相对温和，副作用相对较小。可以口服，也能灌肠使用。口服时对于轻中度结肠炎有较好的抗炎作用；灌肠则更针对直肠和乙状结肠部位的炎症。
糖皮质激素类
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于重度结肠炎患者可能会用到。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，像骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等。一般在其他药物效果不佳时才会考虑使用，而且需要在医生严密监测下逐渐调整剂量。氢化可的松琥珀酸钠： 可用于静脉滴注，适用于重度结肠炎急性发作期，能快速缓解炎症症状，但同样要注意其可能带来的如血压升高、电解质紊乱等副作用。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能看到明显效果。同时，使用过程中要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于结肠炎的治疗，尤其适用于一些对硫唑嘌呤不耐受的患者，但也需要密切监测相关指标。