肛门上长了个肉疙瘩且有点痛可能是由痔疮、疖肿、尖锐湿疣等导致，具体如下：
一、痔疮：
1.内痔脱出以及外痔均可形成肛门肉球，类似肛门上长了个肉疙瘩。当出现破溃、肿胀时会产生疼痛感，这主要与不良排便习惯、久坐、久站等因素有关。
2.治疗上可在医生指导下使用痔疮膏，或采取手术结扎、切除等方式。
二、疖肿：
1.疖肿属于皮肤软组织感染性疾病，会使局部毛囊红肿，进而逐渐发展成硬性结节，此时患者会感觉肛门处出现肉疙瘩，并伴有疼痛，若疖肿破溃，还会引发出血、溢脓等症状。
2.可应用β-内酰胺类、大环内酯类、林可酰胺类等抗菌药物进行治疗。
三、尖锐湿疣：
1.由HPV病毒感染引起，主要通过性接触传播。患者常表现为肛周或生殖器出现菜花样肿物，摸起来像一团肉疙瘩。
2.治疗上需要服用抗病毒药物、增强免疫力药物，或采用激光、冷冻、电灼、微波治疗、手术切除等方式。
总结概括提示：肛门出现肉疙瘩伴疼痛可能是多种疾病引起，痔疮与不良习惯有关，可用药膏或手术治疗；疖肿是感染性疾病，需用抗菌药物；尖锐湿疣由病毒感染导致，治疗方式多样。要明确具体病因并进行针对性处理。