舌下腺囊肿主要治疗方法是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，手术时间通常在30~60分钟左右。
手术治疗方式
根治性手术： 完整切除舌下腺是根治舌下腺囊肿的关键。因为舌下腺是囊肿的起源部位，只有切除舌下腺，才能从根本上防止囊肿复发。手术一般在局部麻醉下进行，将舌下腺与囊肿一并切除。袋形缝合术： 对于全身情况不能耐受舌下腺切除的患者，可采用袋形缝合术。即切开囊肿，去除部分囊壁，将囊腔与口腔相通，形成一个开放的口袋，让囊液可以引流到口腔中。但这种方法复发率相对较高，约有30%左右的复发可能。
术后注意事项
饮食方面： 术后当天建议吃温凉的流质或半流质食物，如牛奶、米粥等，避免吃辛辣、过热、过硬的食物，防止刺激手术部位，影响伤口愈合。一般术后1周左右可逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意清淡。口腔卫生： 保持口腔清洁非常重要，术后每天要用淡盐水或漱口水漱口，每天至少3次。这样可以减少口腔内细菌滋生，降低伤口感染的风险。
非手术治疗的局限性
药物治疗： 目前没有特效药物能治愈舌下腺囊肿。一些抗菌药物等只能用于预防或治疗可能出现的感染，并不能使囊肿消失。所以不建议单纯依靠药物来治疗舌下腺囊肿。穿刺抽液： 可以通过穿刺的方法抽出囊肿内的囊液，但这种方法很快会复发，因为没有去除产生囊液的舌下腺，一般只能作为暂时缓解症状的方法，不能根治。