舌下腺囊肿主要治疗方式是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，复发率相对较低。比如儿童和成人的舌下腺囊肿，大多都需要通过手术来解决。
手术治疗为主
单纯囊肿摘除术： 这是比较传统的方法，把囊肿表面的黏膜切开，将囊肿内容物排出后，摘除囊肿。但这种方法复发率较高，因为没有把产生囊肿的舌下腺一并切除，很可能会再次复发。舌下腺切除术： 这是根治舌下腺囊肿的方法。因为舌下腺是产生囊肿的根源，将舌下腺完整切除后，囊肿就不会再复发了。手术需要在正规的口腔科进行，术后要注意口腔卫生，避免感染。
其他治疗情况
婴幼儿舌下腺囊肿： 对于年龄较小的婴幼儿，如果囊肿较小且没有明显症状，可先观察，因为部分婴幼儿舌下腺囊肿有自行消退的可能。但如果囊肿较大影响呼吸或进食，还是需要及时手术治疗。老年患者舌下腺囊肿： 老年患者身体状况相对复杂，手术前需要评估患者的心肺功能等全身情况。如果患者身体条件允许，同样以手术切除舌下腺为主要治疗手段，术后要加强护理，促进伤口愈合。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要吃软食，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，防止刺激手术部位，一般建议术后1周内以流食或半流食为主，如米粥、鸡蛋羹等。口腔清洁： 要保持口腔清洁，每天早晚正确刷牙，饭后用漱口水漱口，减少口腔细菌感染的机会，有助于伤口恢复。一般术后可以使用温和的漱口水，每天漱口3 - 4次。定期复查： 术后需要按照医生的要求定期复查，观察伤口愈合情况以及有无复发等情况。通常术后1周、1个月、3个月需要分别复查一次。