多囊卵巢综合症的原因目前尚未完全明确，但有一些主要因素与之相关。一般认为，遗传因素可能起到重要作用，如果家族中有亲属患有多囊卵巢综合症，那么女性患病风险会增加，有研究显示约60% - 70%的患者存在遗传易感性。
内分泌失调方面
下丘脑 - 垂体功能紊乱：下丘脑 - 垂体调节机制出现异常，会影响促性腺激素的分泌。正常情况下，促性腺激素释放激素（GnRH）脉冲式分泌调控着促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）的分泌比例，当这个调节机制失衡时，LH分泌增多，FSH相对不足，就会导致卵巢内卵泡发育异常，无法正常排卵，进而引发多囊卵巢综合症。胰岛素抵抗：约50% - 70%的多囊卵巢综合症患者存在胰岛素抵抗现象。胰岛素抵抗是指机体对胰岛素的敏感性降低，为了维持正常的血糖水平，胰腺会分泌更多胰岛素，形成高胰岛素血症。高胰岛素血症会刺激卵巢间质和卵泡膜细胞分泌雄激素，过多的雄激素会抑制卵泡成熟，阻碍排卵，同时还会影响子宫内膜的正常生长和脱落，导致月经紊乱等问题。
生活方式因素
饮食不均衡：长期高热量、高脂肪、高糖的饮食，会使身体处于肥胖或超重状态，而肥胖又是多囊卵巢综合症的重要危险因素之一。例如，体重指数（BMI）≥25的女性患多囊卵巢综合症的风险明显高于BMI正常的女性。肥胖会进一步加重胰岛素抵抗，形成恶性循环，促进多囊卵巢综合症的发生发展。缺乏运动：缺乏体育锻炼也是导致多囊卵巢综合症的一个重要因素。运动不足会影响身体的新陈代谢，导致脂肪堆积，同时也会干扰内分泌系统的正常功能，使得激素分泌失衡，增加患病几率。长期久坐、很少进行有氧运动的人群，患多囊卵巢综合症的风险相对较高。