灰指甲可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般来说，外用药物治疗疗程较长，口服药物相对见效快些，但要注意适用人群。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，来抑制和杀灭真菌。每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能会有效果。不过，使用时要注意指甲周围皮肤的清洁，避免药液接触到健康皮肤。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。每天涂抹在病甲部位，但要坚持使用较长时间，可能需要数月才能看到明显改善。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊：是一种口服抗真菌药物，采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，达到抗真菌效果。不过，肝功能不全者要慎用，使用前需检查肝功能。特比萘芬片：同样是口服抗真菌药，能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。一般连续服用数月，具体疗程根据病甲生长情况而定。但也有一些人服用后可能出现胃肠道不适等不良反应。
手术治疗
拔甲术：过去常用的方法，就是把病甲拔掉。但这种方法创伤较大，术后恢复时间较长，而且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌，现在应用相对少了。一般适用于单发的灰指甲，且术后需要精心护理，防止伤口感染。在治疗灰指甲的过程中，要注意个人卫生，保持足部或手部干燥清洁，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要坚持按照医生的建议进行治疗，不要随意中断，这样才能更好地治愈灰指甲。