灰指甲可以通过外用药物、口服药物以及手术等方法治疗。一般来说，外用药物治疗疗程较长，可能需要几个月甚至更长时间；口服药物相对见效快些，但要注意药物的副作用等情况。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部抗真菌药物，通过干扰真菌细胞膜的合成来发挥作用。每周使用1 - 2次，连续使用几个月。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上。不过，对于比较严重的灰指甲，单独使用搽剂效果可能有限。环吡酮胺乳膏：也可用于灰指甲的外用治疗，它能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。每天涂抹在病甲及周围皮肤，需要坚持使用，一般需要连续使用数月。但外用药物治疗的依从性很重要，患者要严格按照要求使用。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种口服抗真菌药，采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌作用。不过，在使用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬：同样是口服抗真菌药物，一般每天服用一次，连续服用数月。它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。使用时也需要关注肝功能等情况，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术：对于单发的灰指甲，可以考虑拔甲。但拔甲术创伤相对较大，术后需要精心护理，防止感染。而且拔甲后新长出的指甲也有再次被感染的可能，术后要配合抗真菌药物治疗，并且要注意保持手部或足部的清洁卫生，避免再次接触真菌。不过，现在拔甲术的应用相对减少，因为口服药物和外用药物治疗也有一定效果，且创伤相对小一些。