肝脓肿通常是由细菌、真菌或阿米巴原虫等病原体感染引起的。其中细菌感染是最常见的原因，比如大肠埃希菌等肠道细菌，可通过胆道、门静脉或直接蔓延等途径进入肝脏引发脓肿，约有一半左右的肝脓肿是由胆道逆行感染导致的。
细菌感染相关原因
胆道途径感染： 胆道蛔虫症是常见诱因，蛔虫可携带细菌进入胆道，进而蔓延至肝脏。比如当人体肠道内有蛔虫活动时，就可能通过胆道逆行进入肝脏，引发感染形成脓肿。另外，胆管结石等胆道疾病，会导致胆汁引流不畅，细菌容易在胆道内繁殖，然后侵入肝脏引起脓肿。门静脉途径感染： 腹腔内感染性疾病可能累及门静脉系统，比如阑尾炎、肠炎等，细菌可经门静脉入肝。像阑尾炎患者，炎症部位的细菌可能通过门静脉血流到达肝脏，从而引发肝脓肿。
阿米巴原虫感染原因
肠道阿米巴病蔓延： 肠道内的阿米巴原虫可侵入肠壁小静脉，随血流到达肝脏。如果人体感染了溶组织内阿米巴，肠道内的滋养体可通过血液循环到达肝脏，在肝脏内繁殖，形成阿米巴肝脓肿。一般来说，有肠道阿米巴病史的人更容易发生这种情况。
真菌感染原因
免疫力低下人群易患： 长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂的人群，或者患有糖尿病等基础疾病导致免疫力低下时，容易发生真菌感染性肝脓肿。例如，一些接受器官移植后需要长期服用免疫抑制剂的患者，其机体免疫力降低，就容易受到真菌侵袭，引发肝脓肿。另外，严重烧伤患者等，由于皮肤屏障受损，也可能发生真菌感染性肝脓肿。