肝脓肿主要由细菌、真菌等病原体感染引起。其中细菌性肝脓肿较为常见，约90%的肝脓肿是由细菌感染导致的。
细菌感染相关病因
胆道系统感染蔓延： 胆道蛔虫症、胆管结石等胆道疾病是引起细菌性肝脓肿的常见原因。比如，胆道蛔虫时，蛔虫可将肠道细菌带入胆道，进而蔓延至肝脏引发脓肿。据统计，约有一半的细菌性肝脓肿与胆道感染有关。邻近器官感染扩散： 如阑尾炎、膈下脓肿等邻近器官的感染可直接蔓延至肝脏。例如，阑尾化脓穿孔后，细菌可通过淋巴管等途径扩散到肝脏，引起肝脓肿。
真菌感染相关病因
免疫力低下人群易患： 长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂的人群，以及患有糖尿病、艾滋病等基础疾病导致免疫力低下的人，容易发生真菌感染引起的肝脓肿。这类人群的身体防御能力减弱，真菌容易侵入肝脏并繁殖形成脓肿。医源性因素： 比如长时间留置静脉导管、接受肝穿刺等有创操作时，如果操作过程中消毒不严格，也可能导致真菌进入肝脏引发感染形成脓肿。
阿米巴原虫感染病因
食用被污染食物： 阿米巴肝脓肿是由溶组织阿米巴原虫感染引起。当人食用了被溶组织阿米巴包囊污染的食物或水后，包囊在肠道内发育为滋养体，滋养体可侵入门静脉系统到达肝脏，从而引起肝脓肿。在一些卫生条件较差的地区，阿米巴肝脓肿的发病率相对较高。