治眼睛结膜炎的眼药水有多种，常见的有抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，一般用于细菌感染引起的结膜炎，能有效抑制细菌生长。
抗生素类眼药水
左氧氟沙星滴眼液：主要针对细菌感染导致的结膜炎，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。妥布霉素滴眼液：同样适用于细菌感染引发的结膜炎，对多种革兰氏阳性菌及阴性菌有抗菌活性。
抗病毒类眼药水
阿昔洛韦滴眼液：用于病毒性结膜炎，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制过程。更昔洛韦滴眼液：也是针对病毒性结膜炎的药物，可阻止病毒DNA的合成来达到抗病毒效果。
抗过敏类眼药水
色甘酸钠滴眼液：适用于过敏性结膜炎，能稳定肥大细胞的细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒，从而抑制过敏介质的释放。富马酸依美斯汀滴眼液：可用于过敏性结膜炎，通过拮抗组胺H1受体，减轻过敏症状。在使用治结膜炎的眼药水时，要注意，比如抗生素类眼药水不能滥用，需在医生确诊是细菌感染后再用；抗病毒类眼药水也得遵医嘱，因为不是所有结膜炎都是病毒引起；抗过敏类眼药水对于非过敏性结膜炎使用无效。而且，儿童使用眼药水要格外小心，需在成人监护下使用，避免误滴等情况。同时，使用眼药水前要洗净双手，避免污染药水，打开眼药水后尽量在规定时间内用完，若用药后症状无改善甚至加重，应及时就医。