直肠息肉的治疗主要以手术切除为主，一般发现直肠息肉后建议尽早切除。比如直径较小的直肠息肉可通过内镜下切除，创伤小，恢复快。
内镜下切除方式
高频电凝切除术： 利用高频电流产生的热效应使息肉组织凝固坏死，从而达到切除目的。适用于有蒂的较小息肉。内镜黏膜下剥离术（ESD）： 对于较大、平坦或怀疑有癌变的息肉，可采用 ESD 切除，能完整切除病变组织，不过操作相对复杂些。
手术切除后的护理
饮食方面： 术后初期要吃易消化的流食，如米汤、藕粉等，避免吃辛辣、油腻、刺激性食物，一般1-2天后可逐渐过渡到半流食，如粥、面条等，1周左右可恢复正常饮食，但仍要注意营养均衡。休息与活动： 术后需要适当休息，前几天避免剧烈运动，一般休息1-2周，之后可逐渐增加活动量，但3个月内要避免重体力劳动。
非手术治疗的情况
观察随访： 对于一些很小的、良性可能性大且无明显症状的息肉，可定期进行肠镜复查，观察息肉变化情况。比如直径小于1厘米的炎性息肉，可3-6个月复查一次肠镜。药物辅助： 如果是因炎症刺激引起的直肠息肉，可在医生指导下使用一些抗炎药物辅助治疗，但药物不能替代手术切除息肉本身，只是起到辅助控制炎症的作用。