直肠息肉的治疗方法需根据息肉的大小、数量、病理类型等因素来定。一般来说，较小的良性息肉可通过内镜下切除等方法处理，而较大或有恶变倾向的息肉可能需要手术切除。
内镜下切除治疗
小息肉内镜切除：对于直径小于2厘米的良性直肠息肉，常可在内镜下进行切除。比如直径在0.5~1厘米左右的息肉，可通过内镜下的圈套器切除，这种方法创伤小，患者恢复快。多发息肉内镜处理：如果是多个直肠息肉，也可在内镜下分次切除，但要注意间隔时间，一般间隔1~2周，避免一次性切除过多引起出血等并发症。
手术切除治疗
较大息肉手术：当直肠息肉直径大于2厘米，或者怀疑有恶变倾向时，多需要进行手术切除。例如息肉基底部较宽，内镜下切除困难的情况，就需要开腹或腹腔镜下手术切除。手术切除后需要将息肉送病理检查，明确其性质。恶变息肉根治术：如果直肠息肉已经发生恶变，那就需要进行更广泛的根治性手术，可能需要切除部分直肠，并进行淋巴结清扫等操作，以防止癌症转移。
随访观察情况
良性小息肉随访：对于一些非常小的、病理提示为良性的直肠息肉，比如直径小于0.5厘米的炎性息肉等，可定期进行肠镜随访观察，一般建议每1~2年复查一次肠镜，观察息肉是否有变化。特殊类型息肉随访：像家族性腺瘤性息肉病等遗传性息肉病相关的直肠息肉，需要更密切的随访，可能每年都要进行肠镜检查，因为这类息肉恶变风险很高。