肾结石疼痛的部位通常与结石所在的位置有关。一般来说，肾结石患者常见的疼痛部位主要有腰部或上腹部。大约有70% - 90%的肾结石患者会出现腰部疼痛，这种疼痛可能是隐痛或者胀痛。
一、肾盂内大结石或小结石移动时的疼痛表现
肾盂内较大结石引起的疼痛： 肾盂内体积较大的结石，通常引起的是腰部的隐痛，疼痛程度相对较轻，可能持续存在，患者会感觉腰部有隐隐的不适感，活动后可能会有加重的情况。小结石在肾盂或输尿管内移动时的疼痛： 当肾脏内的小结石在肾盂或者输尿管内移动时，就会引起较为剧烈的肾绞痛。这种疼痛往往突然发作，疼痛程度非常强烈，像刀割一样，患者会难以忍受，疼痛可以从腰部或者上腹部向下腹部、腹股沟以及会阴部放射。比如，疼痛可能会放射到同侧的睾丸或者阴唇部位，女性患者可能会感觉疼痛向会阴部放射，男性患者可能会向阴囊部位放射。
二、结石处于不同位置时的疼痛差异
结石位于肾盂输尿管连接部时的疼痛： 如果肾结石位于肾盂输尿管连接部，那么疼痛主要集中在腰部，并且可能会向背部放射，疼痛发作时患者往往不敢直腰，需要弯腰蜷曲身体来缓解疼痛。结石位于输尿管中下段时的疼痛： 当结石位于输尿管中下段时，除了腰部疼痛外，还会向耻骨上区、阴茎头部或者尿道外口放射。例如，结石在输尿管中下段时，男性患者可能会感觉疼痛向阴茎头部放射，女性患者则可能向大阴唇部位放射，同时还可能伴有尿频、尿急等症状，因为结石刺激输尿管和膀胱黏膜，会引起膀胱刺激征。
三、疼痛的伴随症状及特点
肾结石疼痛发作时，除了局部的剧烈疼痛外，还常常伴有恶心、呕吐等症状。这是因为肾脏受到结石刺激后，会引起输尿管的痉挛，同时反射性地引起胃肠道的反应。而且疼痛发作的时间并不固定，可能在活动后发作，也可能在休息时发作，疼痛发作的频率也因人而异，有的患者可能几周发作一次，有的患者可能几个月发作一次。如果结石引起了尿路感染，那么疼痛还可能会伴有发热、寒战等全身症状，这时候就需要及时就医进行治疗，通过抗感染以及处理肾结石等综合措施来缓解症状。