治疗灰趾甲主要有药物治疗、手术治疗和外用疗法等办法。一般来说，药物治疗是比较常用的方式。
药物治疗
口服抗真菌药：常用的有伊曲康唑，它是一种广谱抗真菌药物，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。不过，使用伊曲康唑治疗灰趾甲时，需要按照脉冲疗法服用，即冲击治疗，吃一周停三周为一个疗程，通常需要2 - 3个疗程。还有特比萘芬，它能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜形成过程中的角鲨烯环氧化反应，达到杀菌和抑菌的效果，一般连续服用3个月左右。外用抗真菌制剂：像阿莫罗芬搽剂，它可以通过改变真菌细胞膜的完整性，来干扰真菌的正常代谢，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后每周涂抹1 - 2次，坚持使用3 - 6个月才有较好效果。还有环吡酮胺乳膏，它能改变真菌细胞膜的渗透性，使细胞内物质外流，阻碍真菌的正常代谢，从而起抗菌作用，需要每天涂抹病甲部位，持续使用数月。
手术治疗
拔甲术：这是一种比较传统的治疗方法。医生会将患甲拔除，不过这种方法痛苦较大，而且术后恢复时间较长，并且拔甲后新长出的指甲也有可能再次感染真菌，现在已经较少单独使用，多与药物治疗联合应用。一般拔甲后需要包扎伤口，定期换药，大约2 - 3个月才能长出新的指甲，但在恢复过程中要注意保持伤口清洁，避免感染。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，通过光热效应破坏真菌细胞。激光治疗相对痛苦较小，恢复快，不过可能需要多次治疗，一般每次治疗间隔2 - 3周，经过2 - 4次治疗后可能会有一定效果，但费用相对较高。
日常护理方面
保持足部清洁干燥：要每天清洗双脚，洗完后及时擦干，尤其是脚趾缝之间。尽量穿透气性好的鞋子，如棉质袜子和布鞋等，避免脚部处于潮湿闷热的环境，因为潮湿环境有利于真菌生长繁殖。每天更换袜子，鞋子也要经常晾晒，保持干燥。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止将真菌传染给他人，同时也避免再次感染。家里其他人如果有脚气等真菌性疾病，也要同时治疗，以免相互传染。