灰趾甲的治疗方法主要有药物治疗、手术治疗和局部治疗等。一般来说，药物治疗是比较常用的方式。
药物治疗
口服药物：常用的有伊曲康唑，它属于抗真菌药物，通过抑制真菌细胞的合成来发挥作用。不过，使用伊曲康唑治疗灰趾甲时，需要遵循冲击疗法，即连续服用一周，然后停药三周，为一个疗程，通常需要多个疗程才能看到明显效果。还有特比萘芬，也是抗真菌药物，能抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而达到抗真菌的目的，一般连续服用几个月可能会有改善。外用药物：像阿莫罗芬搽剂，它可以在趾甲表面形成药膜，持续释放药物来抑制真菌生长。使用时要先清洁趾甲，然后将搽剂涂抹在患处，每周使用1 - 2次。但外用药物相对口服药物起效可能较慢，而且对于比较严重的灰趾甲效果可能有限。
手术治疗
拔甲术：适用于单发的灰趾甲。医生会将患甲拔除，不过拔甲后新长出来的趾甲刚开始可能外观不太好，而且拔甲后需要精心护理，防止感染，一般需要几个月的时间新趾甲才能完全长好。不过拔甲术有一定的创伤，并且新长出来的趾甲有可能再次感染真菌。
局部治疗
激光治疗：利用特定波长的激光来破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗间隔一定时间，激光治疗相对痛苦较小，对周围组织损伤也比较小，但费用相对较高，而且不是所有患者都能达到完全治愈的效果。浸泡治疗：可以使用一些抗真菌的药液来浸泡患趾，比如用冰醋酸溶液浸泡，浓度一般是30%，每周浸泡1 - 2次，每次浸泡后要将趾甲擦干。浸泡治疗需要长期坚持，才能慢慢改善灰趾甲的情况，但效果可能相对缓慢。