新冠肺炎引起呼吸困难主要是因为病毒侵袭肺部，影响了正常的气体交换。新冠病毒会导致肺部炎症，使得肺泡和间质受损，进而影响氧气的吸入和二氧化碳的排出。
肺部炎症导致气体交换障碍
肺泡受损： 新冠病毒感染后，肺部的肺泡会受到炎症攻击。肺泡是进行气体交换的重要结构，当肺泡受损时，其表面积会减少，影响氧气从肺泡进入血液的过程。例如，在重症新冠肺炎患者中，肺部影像学检查常显示大片的炎症浸润影，这就意味着大量肺泡功能受损。间质水肿： 炎症还会引起肺部间质水肿，间质是肺泡周围的组织。间质水肿会压迫肺泡和毛细血管，使得氧气难以有效地从肺泡扩散到血液中，同时二氧化碳也难以从血液排出到肺泡，从而导致呼吸困难。
气道分泌物增多影响通气
痰液分泌增加： 感染新冠病毒后，气道黏膜会受到刺激，分泌大量痰液。过多的痰液会阻塞气道，使气道变窄，气体进出受阻。比如，患者会出现咳嗽、咳痰的症状，严重时痰液会堵塞小气道，导致通气不畅，加重呼吸困难。气道痉挛： 部分新冠肺炎患者还可能出现气道痉挛的情况，这也会进一步影响气道的通气功能。气道痉挛会使气道管径缩小，增加气流通过的阻力，使得患者感觉吸气和呼气都变得困难。
肺部纤维化潜在影响
早期阶段的潜在风险： 在新冠肺炎的恢复期，部分患者可能会出现肺部纤维化的情况。虽然不是所有患者都会发生，但一旦出现肺部纤维化，肺组织的弹性会下降，顺应性降低，影响肺部的扩张和收缩功能，从而导致长期的呼吸困难。例如，一些重症新冠肺炎患者在康复后，仍会有活动后气短的表现，这与肺部纤维化有一定关系。而且肺部纤维化是一个逐渐发展的过程，可能在感染后的数月甚至更长时间内逐渐显现并影响呼吸功能。