食管黏膜损伤的症状表现多样，常见的有胸骨后疼痛，一般在进食刺激性食物或吞咽时较为明显，疼痛程度轻重不一，有的可能只是轻微的隐痛，有的则较为剧烈。另外，还可能出现吞咽困难，这是因为食管黏膜损伤后，食管可能会出现痉挛或狭窄等情况，导致吞咽食物时有不畅感。
局部症状表现
疼痛特点： 疼痛的位置多在胸骨后或上腹部，疼痛性质可为刺痛、灼痛等。如果是较严重的食管黏膜损伤，疼痛可能会持续较长时间，且在吞咽时会加重。例如，当食用过烫的食物导致食管黏膜损伤时，当时就可能立刻感觉到胸骨后有明显的灼痛。吞咽时的异常： 除了吞咽困难外，还可能出现吞咽时的异物感，总感觉有东西卡在食管里，吞咽过程不顺畅。有些人还可能出现口水增多的情况，这是身体对于食管黏膜损伤的一种应激反应。
全身伴随症状
出血表现： 轻度的食管黏膜损伤可能仅表现为少量的呕血或黑便，出血量一般较少。但如果损伤较严重，可能会出现较多量的呕血，呕吐物中带有鲜血或血块，同时大便可能呈黑色柏油样便。例如，因剧烈呕吐导致食管黏膜撕裂的患者，可能会有大量呕血的情况。发热情况： 当食管黏膜损伤合并感染时，可能会出现发热症状，体温一般在38℃左右，少数严重感染的患者体温可能会更高。这是因为身体的免疫系统在对抗感染时会出现发热反应。
不同原因导致的症状差异
烫伤引起的症状： 如果是被热水或热的食物烫伤食管黏膜，除了上述疼痛、吞咽异常等症状外，可能在烫伤当时就有明显的灼热感，而且疼痛较为剧烈。一般烫伤后短时间内症状会比较明显，比如在烫伤后几分钟到半小时内，症状就会较为突出。异物损伤导致的症状： 如果是被异物划伤食管黏膜，可能会有明显的异物感，而且疼痛位置可能与异物所在位置相关。如果是较大的异物，可能会导致更严重的损伤，症状也会更明显，比如吞咽困难会更严重，甚至可能出现无法吞咽口水的情况。