食管黏膜损伤的症状多样，常见的有胸骨后疼痛，一般在进食粗糙、过热食物或误吞异物后较为明显，疼痛程度轻重不一，有的可能是轻微的灼痛，有的则较为剧烈。另外，还可能出现吞咽困难，当食管黏膜损伤导致食管痉挛或狭窄时，就会影响食物的通过，使得患者吞咽时感觉不顺畅，严重时甚至难以咽下口水。
局部疼痛表现
胸骨后灼痛： 多数患者会有胸骨后不同程度的灼痛，尤其是在进食刺激性食物后，这种灼痛可能会更加明显，一般持续时间可能从几分钟到数小时不等。尖锐刺痛： 若食管黏膜损伤较严重，可能会出现尖锐的刺痛感，在吞咽时尤为明显，就像有东西刺着一样。
消化道相关症状
吞咽时不适： 除了吞咽困难外，还可能表现为吞咽时的不适感，比如感觉食物通过食管时有阻碍感，不像平时那样顺滑。恶心呕吐： 部分患者可能会出现恶心呕吐的症状，这是因为食管黏膜损伤刺激了消化道，引起胃肠道的反应。如果呕吐较为剧烈，还可能导致食管黏膜进一步损伤加重。
其他伴随症状
出血表现： 轻微的食管黏膜损伤可能仅有少量出血，表现为大便隐血试验阳性；而较严重的损伤可能会有呕血现象，呕出的血的颜色可能因出血量和出血速度不同而有所差异，少量出血时可能是暗红色，出血量较多时可能呈鲜红色。发热情况： 如果食管黏膜损伤合并感染，可能会出现发热症状，体温一般会在38℃左右，严重感染时体温可能会更高。