肚脐上面三指处疼可能由功能性消化不良、消化性溃疡、胆囊结石等导致，建议就医并依据具体原因进行针对性治疗。
一、功能性消化不良：若经常暴饮暴食、进食油腻或坚硬食物，易引发消化不良。此时食物会在胃内滞留而不能及时排空，从而导致肚脐上面三指部位疼痛，并伴有腹胀、恶心、食欲下降等表现。治疗上可采用健胃消食片、大山楂丸、胃蛋白酶等药物。
二、消化性溃疡：
1.胃溃疡：会出现肚脐上面三指位置疼痛，且伴有反酸、烧心、恶心等症状，可给予奥美拉唑、雷贝拉唑、硫糖铝等药物进行治疗。
2.十二指肠溃疡：同样会有该部位疼痛及相关伴随症状。
三、胆囊结石：大多合并胆囊炎，会引起肚脐上面三指部位即右上腹疼痛，针对这种情况可考虑手术切除结石和胆囊。
总之，一旦出现肚脐上面三指处疼痛，应及时就医明确病因，并严格遵医嘱进行治疗，切不可自行随意服药。