肝部囊肿形成的原因有多种。其中先天性因素较为常见，约90%的肝囊肿是先天性的，这是因为胚胎发育时期胆管发育异常，导致局部胆管扩张形成囊肿，这种情况在人群中的发生率约为1% - 2%。
一、寄生虫感染相关原因
肝包虫囊肿： 这是由棘球绦虫的幼虫感染引起的。当人摄入了含有棘球绦虫卵的食物或水后，虫卵在体内孵化出幼虫，幼虫随血液到达肝脏，逐渐发育成囊肿。牧区人群由于接触家畜的机会较多，感染肝包虫囊肿的风险相对较高。
二、创伤因素
外伤导致的肝囊肿： 肝脏受到外力撞击等创伤时，可能会引起肝脏组织局部出血、坏死，进而形成血肿，血肿吸收后可能会形成囊肿。例如，腹部受到严重撞击的患者，就有一定概率出现这种因创伤导致的肝部囊肿。
三、炎症因素
炎症性肝囊肿： 肝脏的慢性炎症，如胆管炎等，可能会导致胆管狭窄、阻塞，胆汁淤积，从而形成囊肿。长期患有胆管炎症的患者，发生肝部囊肿的几率比正常人要高一些。比如，患有慢性胆管炎长达5年以上的患者，需定期检查肝脏情况，警惕肝囊肿的形成。