肝部有囊肿的原因有多种。其中先天性因素较为常见，约占肝囊肿成因的90%左右，这是因为在胚胎发育过程中，胆管发育异常，从而形成了囊肿。
先天性发育异常
胆管发育异常： 在胚胎时期，肝内胆管发育出现障碍，就可能逐渐形成囊肿。这种情况往往从出生时就存在潜在的形成基础，但可能在成年后才被发现。淋巴管发育异常： 肝内淋巴管发育异常也可能导致肝囊肿的形成，不过相对胆管发育异常来说，这种情况发生的概率较低。
创伤因素
外力撞击： 当肝脏受到外力撞击时，比如车祸、高处坠落等情况导致肝脏受伤，肝脏内部的小胆管可能会受损，进而形成血肿，血肿逐渐被吸收后就有可能形成囊肿。一般这种情况多有明确的外伤史。医源性创伤： 在一些肝脏手术或者穿刺等医疗操作过程中，如果操作不当，也可能损伤肝脏组织，引发局部的炎症反应和组织修复异常，从而形成囊肿。
炎症因素
肝内炎症： 肝脏受到细菌、病毒等感染引发炎症时，炎症会刺激肝脏组织，导致局部的细胞代谢和结构发生改变，长时间的炎症刺激可能会促使囊肿的形成。例如，慢性乙型肝炎患者，如果病情控制不佳，肝脏长期处于炎症状态，就可能增加肝囊肿形成的风险。寄生虫感染： 比如肝包虫病，是由细粒棘球绦虫的幼虫寄生在肝脏引起的。寄生虫在肝脏内生长繁殖，会引起肝脏组织的免疫反应和病理改变，逐渐形成囊肿。这种情况在畜牧区相对较为常见。