巧克力囊肿的治疗方法主要包含以下这些：
一、保守治疗：
1.口服避孕药或抗雌激素治疗：这是较为常见的方案，然而这些药物通常得服用半年左右，停药后存在复发可能，并且有一定副作用。
2.非甾体抗炎药：如布洛芬，具有镇痛和抗炎的效果，可按医生指导使用。
3.激素类药物：包括醋酸甲羟孕酮、甲地孕酮、炔诺酮、米非司酮等，目的在于抑制卵巢功能，阻止病情的进展。
二、手术治疗：
1.囊肿剥除术：把囊肿从卵巢上剥离下来，尽可能保留正常的卵巢组织，以降低对生育功能的影响，但囊肿有复发的几率。
2.患侧卵巢切除术：对于年龄较大、没有生育需求或是囊肿过大、难以剥除的患者，可能需考虑切除一侧或双侧卵巢，这样能降低复发概率。
3.腹腔镜手术：适合年轻且有生育要求的患者，通过该手术切除病灶、分离粘连，起码要保留子宫、一侧或部分卵巢。
4.开腹手术：适用于不具备腹腔镜条件或是非常复杂的手术情况，比如严重粘连以及有多次手术史的患者。
三、超声介入穿刺治疗：将囊肿内的物质抽吸出来，不过囊肿本身依旧存在，复发概率较高。而且介入穿刺治疗无法进行病理学诊断，不能准确判断囊肿的性质。
在选择治疗方法时，患者需要充分知晓各种治疗方法的利弊，并和医生进行全面沟通，以获取最佳的治疗效果。同时，患者还应注重日常生活的调理，保持良好的饮食习惯。
总之，巧克力囊肿的治疗方法多样，患者应根据自身具体情况与医生充分交流后选择合适的治疗方式，同时注意生活调理。