巧克力囊肿的治疗需根据囊肿大小、症状及生育要求来决定。具体如下：
1.无症状且有生育要求、囊肿较小者
可先不进行特殊处理，适当使用药物治疗。
应尽快怀孕，并做好定期随访观察。
2.有腹痛等症状、囊肿较大或复查有增大趋势者
需尽快进行检查，如肿瘤标记物的检查。
应尽快进行手术治疗，以防止囊肿发生破裂或扭转，并排除卵巢恶性病变的可能。
需要注意的是，子宫内膜异位症是一种发展性疾病，随着年龄增长或月经次数增多，病情可能会发展。因此，早期治疗可防止病情进展及减少复发，及早发现卵巢恶性病变。
在临床治愈巧克力囊肿后，还需做好预防复发的工作：
1.可在医生指导下应用GnRHa类药物或短效口服避孕药等。
2.要做好定期复查工作。
3.若有生育需求，应尽快怀孕。