宝宝每次睡醒就咳嗽的原因众多，可能是呼吸道感染、过敏性咳嗽或胃食管反流病等情况所致。若咳嗽症状较重，应及时前往医院呼吸科就医，依据病因采取适宜的治疗措施。
一、呼吸道感染：
这是由多种微生物感染引发的感染性疾病，包括病毒、细菌、支原体、衣原体、真菌、寄生虫等。机体抵抗力下降时，病原体容易入侵，导致呼吸道黏膜出现出血、水肿现象。宝宝在睡觉时，其交感神经兴奋，腺体分泌比白天更为旺盛，呼吸道分泌物增多，睡醒后痰液会刺激气道，从而出现每次睡醒就咳嗽的情况，常见于上呼吸道感染、下呼吸道感染等疾病。如果咳嗽严重，需及时去医院就诊，以查明原因并进行相应治疗。
二、过敏性咳嗽：
与接触过敏原有关，常常伴有夜间或清晨发作性咳嗽。若宝宝是过敏体质，在睡觉环境中存在使其过敏的物质，如花粉、尘螨等，或者有刺激性气味刺激到宝宝，都会引发每次睡醒就咳嗽。如果是过敏导致的咳嗽，应及时到医院就诊，明确过敏原，在日常生活中让宝宝避免接触过敏原，以减少过敏反应的发生。
三、胃食管反流病：
主要与肠胃动力不足、胃肠功能紊乱或饮食不当等因素相关，指胃内食物反流入食道所导致的症状或并发症，反流的食物刺激到气管就会引起咳嗽。建议睡前避免让宝宝食用易诱发反流的食物，如巧克力、酸性食物等，也可在医生指导下使用奥美拉唑等药物进行治疗。
宝宝醒后若咳嗽不严重，可让其多喝水并适当运动，咳嗽可能会有所缓解。若咳嗽较为严重，则建议及时到医院就诊，查明原因后进行针对性治疗。
总之，宝宝睡醒后咳嗽的原因多样，需要根据具体情况进行诊断和治疗。