长期服用二甲双胍的副作用相对较小，但也可能存在一些情况。一般来说，大部分人长期服用二甲双胍耐受性较好，但仍有少数人会出现一些副作用。
胃肠道方面的副作用
恶心、呕吐： 部分人在开始服用二甲双胍时可能出现恶心，大约有5% - 10%的人会有这种情况，一般随着用药时间延长会逐渐减轻。腹泻： 也有少部分人会出现腹泻症状，通常程度较轻，但如果腹泻严重则需要就医评估。
维生素B12吸收影响
维生素B12水平变化： 长期服用二甲双胍可能会影响维生素B12的吸收，大约经过几年时间后，有少量人（约1% - 2%）可能会出现维生素B12缺乏的情况，表现为贫血等相关症状，但通过定期监测维生素B12水平，必要时补充维生素B12可预防。
乳酸酸中毒风险
乳酸酸中毒极罕见： 虽然二甲双胍可能会增加乳酸酸中毒的风险，但非常罕见，发生率大约为每10万人中每年0.03 - 0.06例。主要发生在一些有严重肝肾功能不全、心肺功能衰竭等严重疾病的患者身上，或者在过度饮酒、接受静脉肾盂造影等特殊情况时可能增加风险。总体而言，对于适合服用二甲双胍的2型糖尿病患者等人群，长期服用二甲双胍的益处通常大于可能出现的副作用风险，在用药过程中医生会根据患者情况进行监测和调整。