男性生殖器疱疹主要通过抗病毒药物治疗来控制发作。一般来说，常用的抗病毒药物有阿昔洛韦等，可在发病早期使用。
常用抗病毒药物
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，从而发挥抗病毒作用，可减轻生殖器疱疹的症状，缩短病程。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，生物利用度比阿昔洛韦高，起效相对更快，能有效缓解生殖器疱疹的相关症状。
治疗中的注意事项
发作期护理： 在生殖器疱疹发作期间，要保持患处清洁、干燥，避免搔抓，防止继发感染。可以用生理盐水清洗患处，但动作要轻柔。避免传染他人： 患病期间应避免性生活，即使使用安全套也不能完全杜绝传染的可能，因为疱疹病毒可能会存在于皮肤黏膜的周围。
特殊人群情况
免疫功能低下者： 如艾滋病患者合并生殖器疱疹时，可能需要调整抗病毒药物的治疗方案，可能需要延长治疗疗程或增加药物剂量，但具体要在医生的严密监测下进行。孕妇患者： 孕妇感染生殖器疱疹需要特别谨慎，抗病毒药物的使用要权衡利弊，因为某些药物可能对胎儿有影响，需在医生的指导下选择对胎儿相对安全的治疗方法。