新型肺炎病毒的确诊主要通过多种方式综合判断。一般来说，新型肺炎病毒的确诊需要结合流行病学史、临床表现以及实验室检查等多方面来进行。
一、流行病学史方面
发病前14天内有武汉市及周边地区，或其他有病例报告社区的旅行史或居住史： 如果在发病前14天内到过新冠病毒疫情较为严重的地区，或者接触过来自这些地区的发热伴有呼吸道症状的患者，那么就需要高度警惕感染新型肺炎病毒的可能。发病前14天内与新型冠状病毒感染者（核酸检测阳性者）有接触史： 比如接触过已经确诊为新型肺炎的患者，或者与疑似患者有过密切接触等情况，也增加了感染的风险，需要进一步排查。
二、临床表现方面
常见症状： 患者可能出现发热，多为中低热，部分患者也可出现高热；还可能有干咳、乏力等表现，少数患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。随着病情进展，部分患者会出现呼吸困难等情况。重症表现： 重症患者多在发病一周后出现呼吸困难和（或）低氧血症，严重者可快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。
三、实验室检查方面
核酸检测： 采用实时荧光RT - PCR方法在鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中检测新型冠状病毒核酸。一般来说，如果核酸检测结果为阳性，就可以确诊为新型肺炎病毒感染。但需要注意的是，核酸检测可能存在假阴性的情况，所以有时需要多次采样进行检测。基因测序： 对病毒进行全基因组测序，与已知的新型冠状病毒高度同源，也可作为确诊的依据之一。另外，血清学检查中，新型冠状病毒特异性IgM抗体和IgG抗体在感染初期IgM抗体首先出现，随后是IgG抗体，通过检测血清中的特异性抗体，也有助于辅助诊断。如果IgM和IgG抗体由阴性转为阳性或恢复期IgG抗体滴度较急性期呈4倍及以上升高，也可作为诊断的参考依据。