新型肺炎主要通过以下方式确诊：首先是流行病学史，比如14天内有武汉市及周边地区，或其他有病例报告社区的旅行史或居住史；或发病前14天内曾接触过来自上述地区的发热或有呼吸道症状的患者；或聚集性发病。
实验室检查方面
核酸检测：采用实时荧光RT-PCR方法，在鼻咽拭子、痰和其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸。一般来说，若核酸检测结果为阳性，对于确诊有重要意义。基因测序：病毒基因测序与已知的新型冠状病毒高度同源，也可作为确诊依据。
影像学检查辅助
胸部CT：早期呈现多发小斑片影及间质改变，以肺外带明显。进而发展为双肺多发磨玻璃影、浸润影，严重者可出现肺实变，胸腔积液少见。通过胸部CT的典型影像学表现，结合临床等情况也有助于辅助诊断。
临床表现结合判断
患者多有发热、乏力、干咳等临床表现，少数患者伴有鼻塞、流涕、腹泻等症状。当有上述流行病学史，同时出现相应临床表现，再结合实验室检查和影像学检查结果，综合来判断是否确诊新型肺炎。比如有流行病学史，又出现发热等症状，核酸检测阳性，胸部CT有相应表现，基本就可以确诊为新型肺炎。