新生儿消化不良表现多样，比如常见的有吐奶频繁，有的新生儿可能一天吐奶次数达3~5次甚至更多，吐出的奶往往有酸臭味。
胃肠道方面的表现
呕吐： 新生儿消化不良时，呕吐是比较常见的症状。除了吐奶量较多外，还可能表现为呕吐物为未消化的奶块，有时还会伴有黄色的胆汁样物质。腹胀： 新生儿的肚子会看起来比较鼓胀，用手轻轻触摸能感觉到腹部较硬，而且宝宝可能会有不安的表现，比如哭闹不止。这是因为消化不良导致胃肠道内气体积聚，无法正常排出。
大便情况的改变
大便次数异常： 消化不良的新生儿大便次数可能会增多，原本一天可能1~2次大便，现在可能增加到4~5次甚至更多。而且大便的性状也会改变，变得比较稀，可能呈水样便或者含有较多奶瓣。大便气味异常： 消化不良的大便往往会有酸臭味，这是由于食物在胃肠道内不能被充分消化吸收，发酵产生了异味。
其他伴随表现
食欲减退： 新生儿会出现吃奶量明显减少的情况，原本能一次性吃60~90毫升奶，现在可能只吃30~50毫升就不吃了，对吃奶表现得不太感兴趣。睡眠不安： 因为身体不舒服，新生儿在睡眠中也会受到影响，表现为睡眠不踏实，容易惊醒，翻来覆去的。