HPV感染的治疗需根据具体情况而定，一般来说，约90%的HPV感染可在1-2年内通过自身免疫力清除，无需特殊治疗。
自身免疫清除为主
人体自身免疫系统是清除HPV的重要力量。多数健康女性感染低危型HPV后，机体免疫系统可发挥作用，在数月到2年左右的时间内将病毒清除，无需额外针对病毒本身进行特殊的抗病毒治疗。比如大部分年轻女性感染低危型HPV后，身体能依靠自身免疫机制逐渐把病毒清除掉。
针对相关病变的治疗
低危型HPV相关病变
生殖器疣：如果感染低危型HPV出现生殖器疣，可采用物理治疗，如激光治疗，能直接去除疣体，一般一次激光治疗可能清除可见疣体，但需根据疣体情况决定治疗次数。还可使用药物治疗，如5%咪喹莫特乳膏，不过起效相对较慢，可能需要数周时间。
高危型HPV持续感染相关病变
宫颈上皮内瘤变：对于低级别宫颈上皮内瘤变，多数可自然消退，需定期随访观察。而高级别宫颈上皮内瘤变则需要治疗，如宫颈环形电切术（LEEP术），通过切除病变组织来治疗，术后要定期复查宫颈情况。
辅助增强免疫力的方法
生活方式调整：保持良好的生活习惯很重要，每天应保证7-8小时的充足睡眠，让身体各机能良好运转以增强免疫力。同时要均衡饮食，多摄入富含维生素C的食物，像橙子、柠檬等，每天可适当吃2-3个橙子来补充维生素C，有助于提高免疫力帮助清除HPV。还要适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度运动，如快走，每次快走30分钟左右，每周5次，促进身体新陈代谢，增强免疫力。避免不良行为：要戒烟，吸烟会影响免疫系统功能，降低机体清除HPV的能力。同时要避免不洁性行为，减少再次感染HPV的风险，因为不洁性行为可能会再次接触到HPV病毒，加重感染情况或导致持续感染。