肝功能异常通常由多种原因引起。比如病毒性肝炎就是常见原因之一，像乙型肝炎病毒感染，在全球约有2.57亿慢性乙肝感染者，乙肝病毒会攻击肝细胞，导致肝功能异常。
病毒性肝炎导致
乙肝病毒感染： 乙肝病毒主要通过血液、母婴和性传播，病毒侵入人体后，会在肝细胞内复制，引发免疫反应，破坏肝细胞，影响肝功能。丙型肝炎病毒感染： 丙型肝炎主要通过输血、针刺、吸毒等途径传播，丙肝病毒感染后易慢性化，长期可导致肝脏炎症坏死和纤维化，进而引起肝功能异常。
药物性肝损伤引发
常见伤肝药物： 一些抗生素如四环素，长期或大量使用可能损伤肝脏；抗结核药异烟肼，也有导致肝功能异常的风险，约有10% - 20%的患者使用异烟肼后会出现转氨酶升高等肝功能异常表现。中药也需注意： 某些中药如含吡咯里西啶生物碱的中草药，像千里光、款冬菊等，长期服用可能损害肝脏，引起肝功能异常。
酒精性肝病所致
长期大量饮酒： 男性每天饮酒超过40克酒精，女性超过20克，持续5年以上，就容易引发酒精性肝病。因为酒精进入人体后主要在肝脏代谢，酒精及其代谢产物会对肝细胞产生毒性作用，导致肝细胞变性、坏死，影响肝功能。短时间大量饮酒： 短时间内大量饮酒，如一次饮用大量高度白酒，也可能引起急性酒精性肝炎，出现肝功能异常，表现为转氨酶升高、黄疸等。
自身免疫性肝病造成
自身免疫性肝炎： 多见于女性，发病机制是自身免疫系统错误地攻击肝细胞，导致肝脏炎症活动，引起肝功能异常，患者可能出现乏力、黄疸、肝脾肿大等症状。原发性胆汁性胆管炎： 是一种慢性进行性自身免疫性肝病，主要破坏肝内小胆管，导致胆汁淤积，进而影响肝功能，多见于中年女性，病情逐渐进展可发展为肝硬化。