舌下腺囊肿主要治疗方法是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，能降低复发几率，手术通常需要30分钟~1小时左右。
手术治疗方式
口内切开引流术： 对于情况紧急，囊肿较大影响进食、说话的患者，可先做口内切开引流，排出囊液，缓解症状，但这只是暂时措施，后续还需处理舌下腺。一般引流后1周左右需安排后续手术。舌下腺切除术： 这是根治舌下腺囊肿的方法。将舌下腺完整切除，从根本上解决囊肿来源。手术时要注意保护邻近组织，如颌下腺导管等。
非手术治疗情况
婴幼儿小型囊肿： 对于年龄较小的婴幼儿，特别是1岁以内的，若囊肿较小，可密切观察，部分可能自行消退。但要定期带孩子到口腔科检查，观察囊肿变化情况。如果观察3~6个月仍未消退或有增大趋势，需考虑手术。全身情况差不能耐受手术者： 当患者存在严重心脑血管疾病、肝肾功能不全等情况，无法耐受手术时，可暂时保守治疗，如保持口腔清洁，减少对囊肿的刺激，但这种情况需密切随访，一旦全身情况改善，应尽早安排手术。
术后注意事项
口腔护理： 术后要保持口腔清洁，每天可用淡盐水漱口，一般建议饭后及睡前各漱口一次，每次漱口时间不少于30秒，以预防伤口感染。饮食调整： 术后1~2天建议吃流质或半流质食物，如牛奶、粥、蛋羹等，避免食用过硬、过烫、辛辣刺激性食物，防止刺激手术部位，影响伤口愈合。一般1周左右可逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意避免过度咀嚼坚硬食物。伤口观察： 要注意观察伤口有无出血、红肿、疼痛加剧等情况。如果发现伤口有异常，如出血较多、红肿范围扩大等，应及时复诊。一般术后7天左右拆线。