舌下腺囊肿主要治疗方式是手术切除，一般通过手术完整摘除囊肿及舌下腺，复发率较低。比如儿童患者手术切除后恢复相对较快，但也需谨慎操作。
手术治疗为主
传统手术切除： 是根治舌下腺囊肿的主要方法。手术时要完整摘除舌下腺，因为大多数舌下腺囊肿是由于舌下腺导管堵塞等原因引起，摘除舌下腺可从根源上解决问题。一般手术需要在局部麻醉下进行，将囊肿及舌下腺一并切除，术后需注意口腔卫生，避免感染。微创术式： 现在也有一些微创的手术方式，相对传统手术创伤更小。比如内镜辅助下的舌下腺囊肿及舌下腺切除术，通过内镜的辅助能够更清晰地看到局部解剖结构，减少对周围组织的损伤，术后恢复时间可能会缩短，但费用相对传统手术可能会高一些。
保守治疗情况
穿刺抽液： 可以先通过穿刺抽出囊肿内的囊液，但这种方法容易复发。因为没有去除产生囊液的舌下腺，所以过一段时间囊肿可能又会复发。一般适用于不能耐受手术或者病情较轻暂时不想手术的患者，比如一些身体状况较差、无法承受较大手术创伤的老年患者，可以先采用穿刺抽液缓解症状，但后续还是需要考虑进一步的治疗。硬化剂注射： 也有采用硬化剂注射的方法来治疗舌下腺囊肿，但这种方法的疗效不确切，而且可能会引起一些并发症，比如局部组织的炎症反应等，所以临床上应用相对较少。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要吃软食，避免吃坚硬、辛辣刺激性食物，防止刺激手术部位，影响伤口愈合。一般术后1 - 2天可以吃流质或半流质食物，如牛奶、粥等，之后逐渐过渡到软食。口腔清洁： 要保持口腔清洁，勤漱口，每天可以用生理盐水或漱口水漱口3 - 4次，防止口腔内细菌感染手术伤口，有利于伤口的愈合。复诊观察： 术后要按照医生的要求定期复诊，一般术后1周、1个月等时间节点需要复诊，观察伤口愈合情况以及有无复发等情况。如果出现伤口红肿、疼痛加剧等异常情况，要及时就医。