奥硝唑和甲硝唑都属于硝基咪唑类抗菌药物，但它们在抗菌谱、不良反应等方面有差异。一般来说，不能简单说哪个更好，要根据具体情况选择。奥硝唑的半衰期相对较长，大约为14小时左右，而甲硝唑半衰期约8小时。价格方面，奥硝唑通常比甲硝唑稍贵一些，奥硝唑一盒（0.25g12粒）大概10 - 30元，甲硝唑一盒（0.2g21片）大概2 - 10元。
抗菌谱方面
奥硝唑：对脆弱拟杆菌、狄氏拟杆菌、卵园拟杆菌、多形拟杆菌、普通拟杆菌、梭状芽胞杆菌、真杆菌、消化球菌和消化链球菌、幽门螺杆菌、黑色素拟杆菌、梭杆菌、CO2噬织维菌、牙龈类杆菌等具有抗菌作用。还对阿米巴虫、贾第虫也有活性。甲硝唑：对大多数厌氧菌具强大抗菌作用，但对需氧菌和兼性厌氧菌无作用。抗菌谱包括脆弱拟杆菌和其他拟杆菌属、梭形杆菌、产气梭状芽孢杆菌、真杆菌、韦容球菌、消化球菌和消化链球菌等。对幽门螺杆菌也有一定作用，对阿米巴原虫和贾第虫也有活性。
不良反应表现
奥硝唑：常见的不良反应有轻度头晕、头痛、嗜睡、胃肠道反应（如恶心、呕吐、胃部不适等）、口腔金属味等，一般程度较轻。甲硝唑：不良反应相对更多样，除了有胃肠道反应如食欲不振、恶心、呕吐外，还可能出现神经系统症状，如头痛、眩晕，偶有感觉异常、肢体麻木、共济失调、多发性神经炎等，大剂量可致抽搐。少数病例发生荨麻疹、潮红、瘙痒、膀胱炎、排尿困难、口中金属味及白细胞减少等，均属可逆性，停药后自行恢复。
适用病症情况
奥硝唑：主要用于治疗由厌氧菌感染引起的多种疾病，如腹部感染、盆腔感染、口腔感染等，还可用于治疗原虫感染，像阴道毛滴虫、贾第鞭毛虫感染等。甲硝唑：可用于治疗肠道和肠外阿米巴病（如阿米巴肝脓肿、胸膜阿米巴病等），还可用于治疗阴道滴虫病、小袋虫病和皮肤利什曼病、麦地那龙线虫感染等，同时也是治疗厌氧菌感染的常用药物，如腹腔、消化道、女性生殖系统、下呼吸道、皮肤及软组织、骨和关节等部位的厌氧菌感染。