小肠套叠的治疗方式主要有非手术治疗和手术治疗。对于早期的小肠套叠，空气灌肠复位是常见的非手术治疗方法，约70% - 80%的早期小肠套叠患儿可通过空气灌肠复位成功。
非手术治疗方法
空气灌肠复位： 通过肛门注入空气，利用空气的压力将套叠的肠管复位。一般在发病48小时内，患儿全身情况良好时可尝试。在操作过程中要密切观察患儿情况，若复位成功，患儿腹痛会缓解，腹部包块消失，能看到气体进入回肠末端。钡剂灌肠复位： 与空气灌肠原理类似，不过是注入钡剂。但现在空气灌肠应用更广泛，因为钡剂灌肠有一定辐射且可能有残留风险。
手术治疗情况
套叠时间较长的情况： 当小肠套叠超过48 - 72小时，或者空气灌肠、钡剂灌肠复位失败，以及怀疑有肠坏死的情况时，就需要进行手术治疗。手术时医生会打开腹腔，查看套叠肠管的情况，若肠管没有坏死，可尝试手法复位；若肠管已坏死，则需要切除坏死部分肠管，然后进行肠吻合术。复发性小肠套叠： 对于反复发生小肠套叠的患儿，也需要通过手术来明确病因并进行处理，比如查看是否有肠息肉、梅克尔憩室等导致套叠复发的因素，并加以解决。
治疗后的注意事项
非手术治疗后： 复位成功后要观察患儿有无腹痛、便血等情况。一般建议在复位后短期内进行腹部超声复查，了解肠管恢复情况。同时，要注意患儿的饮食，逐渐从流质、半流质饮食过渡到正常饮食，开始时应选择易消化的食物，避免进食过多油腻、刺激性食物。手术治疗后： 术后要关注患儿的伤口恢复情况，保持伤口清洁干燥，防止感染。术后肠道功能恢复需要一定时间，刚开始可能需要禁食，通过静脉补充营养，待肠道蠕动恢复、肛门排气后可逐渐开始进食，饮食同样要从少量、易消化开始，逐步增加摄入量和食物种类。并且要定期带患儿进行复查，监测生长发育等情况。