瘘管和窦道主要有以下区别，即开口数量和产生病因不同。
一、开口数量不同
1.瘘管通常有两个或两个以上开口，是器官与器官之间，或器官与体表之间形成的相通病理性管道，有内口和外口，一头在体表，一头在空腔脏器。
2.窦道仅有一个开口，其开口于体表，或是形成只有一个开口与体内空腔脏器相通的盲管。
二、产生原因不同
1.瘘管的形成主要与机械压迫、先天性以及感染等有关。比如肛门瘘管，是肛门周围皮肤与肛管直肠相通形成的感染性管道，外口位于肛门周围皮肤上，内口位于齿线，因两头相通而导致病情反复发作、迁延不愈。
2.窦道的形成主要源于感染，机体遭受感染后若未得到及时治疗便会形成窦道。例如骨结核、皮肤结核等遭受感染后可形成结核窦道。
总之，瘘管和窦道在开口数量及产生病因上存在明显差异，通过这些方面可以对二者进行区分。