肛乳头瘤常见的症状有肛门不适，一般患者会感觉肛门内有异物感，这种异物感可能会持续存在，有时在排便时会更加明显。另外，排便不尽感也是常见症状之一，部分患者在排便后会觉得肛门内还有粪便未排干净，这种情况可能会反复出现。还有些患者会出现肛门瘙痒，由于乳头瘤受到刺激，分泌物可能会渗出，刺激肛门周围皮肤，导致肛门瘙痒。
排便时的症状表现
脱出： 较小的肛乳头瘤一般不会脱出肛门外，但较大的肛乳头瘤在排便时可能会脱出肛门。刚开始排便后可自行缩回，随着病情发展，可能需要用手推才能缩回，严重时甚至在行走、咳嗽等腹压增加的情况下都会脱出。例如，部分患者在排便后发现有肿物脱出肛门，开始还能自己回去，后来需要用手推才能回去。出血： 排便时如果粪便擦伤肛乳头瘤，可能会引起出血，一般出血量较少，表现为粪便表面带血或者便纸上有少量鲜血。
局部不适的具体情况
疼痛： 当肛乳头瘤脱出肛门不能及时回缩时，会引起嵌顿，导致肛门局部出现疼痛，这种疼痛较为剧烈，患者会感觉肛门部位有明显的坠胀、刺痛感。另外，炎症刺激也可能引起肛门部的隐痛，在排便前后或者长时间行走后疼痛可能会加重。分泌物增多： 肛乳头瘤受到炎症等刺激，会分泌一些黏液，导致肛门周围潮湿，分泌物增多时会让患者感觉肛门有潮湿感，并且可能会污染内裤。
与其他疾病的鉴别表现
与痔疮的鉴别： 痔疮也会有脱出、出血等症状，但痔疮出血一般是喷射状出血或者点滴状出血，而肛乳头瘤出血多为粪便表面带血。另外，痔疮的脱出物一般是柔软的静脉团，而肛乳头瘤脱出物是灰白色、质地较硬的乳头样组织。与直肠息肉的鉴别： 直肠息肉脱出时也可能类似肛乳头瘤，但直肠息肉多为圆形、表面光滑，而肛乳头瘤一般为锥形或者三角形，有蒂，表面为皮肤组织。通过肛门指检等检查可以进一步区分两者，肛门指检时能感觉到肛乳头瘤的质地和位置等特征与直肠息肉不同。