肛乳头瘤常见的症状有肛门不适，比如早期可能会感觉肛门有轻微的异物感，这种异物感可能会持续存在，尤其在排便后可能会更明显一些。还有排便不尽感，部分患者会觉得大便排完了，但总感觉还有残余，好像没排干净一样。
肛门肿物脱出
小的肛乳头瘤：一般较小的肛乳头瘤在排便时可能会脱出肛门外，但能自行缩回。较大的肛乳头瘤：随着病情发展，较大的肛乳头瘤脱出后不能自行缩回，需要用手推回甚至长期脱出在肛门外。这时候患者会明显感觉到肛门有东西突出，影响生活，比如走路、坐着都会有不适。
肛门瘙痒
局部刺激引起：由于肛乳头瘤脱出后，会刺激肛门周围的皮肤，导致分泌物渗出，长期刺激就会引起肛门瘙痒。这种瘙痒感可能比较顽固，让患者忍不住去搔抓，而搔抓又可能进一步加重皮肤的损伤，形成恶性循环。分泌物刺激：肛乳头瘤会分泌一些黏液，这些黏液流出肛门外，也会刺激肛门周围皮肤，引发瘙痒。
排便时疼痛
排便挤压：在排便过程中，粪便通过肛门时会挤压肛乳头瘤，从而引起疼痛。尤其是当粪块较硬时，疼痛可能会更明显。摩擦刺激：干燥的粪便在通过肛门时，会摩擦肛乳头瘤，导致疼痛产生。一般疼痛程度因人而异，有的患者可能只是轻微的胀痛，有的患者则可能感觉较为剧烈的刺痛。