如果是规律性的作痛，那就表明是宫缩，这提示是临产征兆，孕妇需要及时入院待产。而要是不规律性的作痛，则有可能是肠道痉挛或者是卵巢囊肿扭转破裂。在孕晚期39周时小腹隐隐作痛通常是子宫收缩所导致。子宫收缩在39周时就已经开始出现，孕妇对于宫缩的主观感受便是小腹隐隐作痛，其会从不规律逐渐发展到规律。
一、临产征兆：孕妇应马上入院待产。在此期间，孕妇可以选择听一些自己喜爱的音乐来缓解因宫缩而产生的紧张情绪，这时尽量选择柔和或者节奏欢快的音乐，以便给胎儿传递出一种愉快和舒畅的心情。同时要注意休息，在怀孕晚期避免攀爬高处和提拉重物，保持规律的生活饮食，维持心情舒畅，适当进行运动，这对顺产是有利的。
二、肠道痉挛：肠痉挛一般是由胃肠道受凉引起的，有些是因为食用过冷食物所带来的刺激导致的，还有些是由于吹到了一些冷空气而引发的。这种情况通常不需要特殊治疗。此时，孕妇可以喝些热水，温暖腹部，并且适当按摩腹部。经过这些简单的调理，肠痉挛的一般状况通常会得到改善。
三、卵巢囊肿扭转破裂：在孕晚期出现卵巢囊肿破裂时，我们需要判断肿瘤的性质。如果怀疑有恶变，就需要进行手术治疗。如果是纯囊性囊肿破裂，多数是巧克力囊肿，一般采取保守治疗，通常就能够好转。当然，在孕晚期临近预产期时发生卵巢囊肿破裂，我们可以在剖宫产的同时进行囊肿剥除，并对局部创面进行缝合。遇到这种情况一定要及时就医，千万不能自行进行治疗。
总之，孕晚期39周小腹隐隐作痛可能是多种情况导致，要根据疼痛是否规律等具体情况来判断原因，并采取相应的措施。孕妇自身要密切关注身体状况，出现异常及时处理。