肛窦炎通常不能自愈。肛窦炎即肛隐窝炎，有急性和慢性之分，是发生在肛门瓣、肛窦处的炎症，其发病往往由细菌感染、黏膜损伤等多种因素引起，也可能和饮食不当相关。主要症状表现为肛门疼痛、瘙痒、有下坠感以及排便不尽等。患者应及时到医院就诊并积极治疗，以缓解症状。
一、西医治疗
1.药物治疗：
(1)若处于肛窦炎急性发作期，首先要进行抗感染治疗。可通过肌肉注射、静脉注射青霉素钠盐、先锋霉素等抗生素药物，或采用保留灌肠、坐浴等方式来治疗，以缓解症状。待病情稳定后，可依据具体感染病菌种类，在专业医生指导下应用药物。如感染大肠杆菌者可应用甲硝唑、氟哌酸等药物；
2.手术治疗：
(1)若病情较重，出现肛窦内化脓或形成隐性瘘管，以及经上述治疗效果不佳时，均需进行手术治疗，即肛窦切开引流术。在局部麻醉下，于距肛缘附近处做切口，让探针进入肛窦内进行切开引流，通常疗效较好。
二、中医治疗
中医认为肛窦炎多与湿热下注有关，患者可应用黄芩、黄柏、山栀子、生地、桃仁、当归、延胡索、桃仁、桔梗、枳壳、大黄等中药进行涂抹、内服或熏洗坐浴，有助于清热解毒、滋阴润燥，从而对肛窦炎起到一定治疗作用，但通常见效较慢。
此类患者日常要注意饮食，忌烟酒，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，如肥肉、炸物、火锅、烧烤、辣椒等，以免对肠道及肛门产生刺激而使病情加重。还应养成良好的生活习惯，定期排便，保持肛门局部清洁，有助于降低复发几率。
总之，肛窦炎难以自愈，患者应根据自身情况选择合适的治疗方法，并注意日常护理，以促进康复和减少复发。