女性尿路感染通常是由多种因素引起的，其中约80%是由大肠埃希菌等细菌感染所致。
解剖生理因素
女性尿道短而直：女性尿道长度一般在3~5厘米，相较于男性尿道短很多，这使得细菌更容易从尿道外口上行进入膀胱引发感染。比如，女性尿道口距离肛门较近，肛门周围的细菌很容易被擦拭等行为带到尿道外口，进而入侵尿道。月经与性生活影响：月经期间，女性会阴部的局部环境潮湿，且经血为细菌提供了滋生的营养物质，增加了尿路感染的风险。性生活时，会将外部细菌挤压入尿道，尤其是频繁性生活的女性，感染几率会相对更高。例如，有研究表明，性生活活跃的女性每年尿路感染的发生率比性生活不活跃的女性高2~3倍。
机体抵抗力因素
孕期抵抗力变化：女性怀孕时，体内激素水平改变，输尿管蠕动减慢，尿液排出不畅，容易导致细菌滋生。而且子宫增大还会压迫膀胱和输尿管，进一步影响尿液的正常排泄，使孕妇成为尿路感染的高发人群之一。一般在孕期的任何阶段都可能发生尿路感染，尤其是孕中后期更为明显。糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖水平较高，尿液中含糖量也高，这为细菌的生长提供了良好的培养基。同时，糖尿病会影响机体的免疫功能，使患者抵抗力下降，更容易受到细菌侵袭引发尿路感染。据统计，约20%的糖尿病患者会并发尿路感染，且病情相对复杂，容易反复发作。
医源性因素
导尿操作：临床上进行导尿操作时，如果消毒不严格或者导尿管留置时间过长，就很容易将外界细菌引入尿道，引发尿路感染。一般导尿管留置超过3天，尿路感染的发生率会大幅增加，超过90%的医源性尿路感染与导尿管留置有关。泌尿系统器械检查：进行膀胱镜检查等泌尿系统器械检查时，可能会损伤尿道黏膜，破坏尿道的防御屏障，从而让细菌有可乘之机引发感染。在检查后的短时间内，如1~2天内，就可能出现尿路感染的症状，表现为尿频、尿急、尿痛等。