孕十二周有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：可能因胚胎染色体异常、孕妇内分泌失调、免疫功能异常、子宫畸形等因素导致。除褐色分泌物外，还可能伴有下腹部疼痛、腹部坠胀等症状。应及时就医，进行超声检查、激素水平检测等，以明确诊断。医生一般会建议卧床休息，并使用黄体酮、地屈孕酮等药物进行保胎治疗。
2.宫颈息肉：孕期激素水平变化可能导致宫颈息肉增生，引起褐色分泌物。通常还会伴有白带增多、白带带血等症状。可行息肉摘除术，并将息肉送病理检查。
3.前置胎盘：胎盘位置较低，覆盖宫颈内口时，也可能出现褐色分泌物。还可能伴有妊娠期无痛性阴道流血。超声检查可明确诊断。需注意休息，减少活动，禁止性生活，定期复查。如果出现大量出血、胎儿窘迫等情况，需及时终止妊娠。
4.其他：如阴道炎、宫颈炎、泌尿系统感染等也可能导致褐色分泌物。此外，孕妇过度劳累、情绪紧张等也可能出现这种情况。
如果出现褐色分泌物，建议及时就医，明确原因，并在医生指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，禁止性生活。如果褐色分泌物持续时间较长、量较多或伴有其他不适症状，应及时复诊。