孕十二周时出现褐色分泌物，时有时无，可能与以下原因有关。
1.先兆流产：孕十二周时胎儿尚不稳定，剧烈运动、过度劳累、性生活、情绪过度激动等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此时应注意休息，避免劳累及性生活，同时尽快就医，医生一般会根据具体情况给予黄体酮等保胎药物治疗。
2.宫颈息肉：宫颈息肉也可能导致阴道分泌物异常，表现为褐色分泌物。医生会在直视下用血管钳将息肉摘除，然后进行局部消炎。
3.其他：胎盘位置低、孕妇患有阴道炎、宫颈炎等也可能出现这种情况。
如果出现褐色分泌物，孕妇不必过于紧张，但也不能掉以轻心。应及时就医，进行相关检查，如超声检查、妇科检查等，以明确原因，并在医生的指导下进行相应的治疗和处理。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持外阴清洁，按时产检。